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Titre : | Evaluation de la technologie de séquençage à haut débit ABL pour la détection des mutations de résistance du VIH-1 |
Auteurs : | Najoua Dardab, Auteur ; Géraldine DESSILLY, Promoteur ; Benoît Kabamba-Mukadi, Promoteur |
Type de document : | Travail de fin d'études |
Editeur : | Woluwe-Saint-Lambert : Haute École Léonard de Vinci, 2023 |
Langues: | Français |
Index. décimale : | TFE - Biologie médicale |
Mots-clés: | Virus de limmunodéficience humaine ; mutation ; résistance aux médicaments ; séquençage massivement parallèle. |
Résumé : | Le virus de l'immunodéficience humaine de type 1 est responsable de la pandémie actuelle du SIDA. A l'heure actuelle, il n'existe pas encore de moyen déradiquer complètement le virus et donc de guérir de linfection à VIH. Cependant, les traitements antirétroviraux (ARV) permettent de réduire la charge virale à un niveau indétectable et par conséquent, de contrôler la maladie. Cela permet de restaurer le système immunitaire et de réduire considérablement la transmission du virus. Cependant, le taux de mutation du VIH est très élevé, ce qui peut lui permettre d'échapper aux ARV. Les mutations de résistance aux ARV sont recherchées afin d'adapter le traitement. La technique utilisée pour rechercher ces mutations est le séquençage de nouvelle génération (NGS). Le NGS est couramment réalisé par la méthode Ion Torrent (flux de travail de Vela Diagnostics). Les régions cibles impliquées dans la résistance aux ARV sont : la protéase, la transcriptase inverse et l'intégrase. Des mutations de résistance à ces classes d'ARV sont recherchées. Le premier objectif était d'évaluer le workflow (= flux de travail) d'ABL Diagnostics (plateforme de séquençage Illumina) et de le comparer workflow de Vela Diagnostics (plateforme de séquençage Ion Torrent). Le workflow ABL permet de réaliser du séquençage complet. Le second objectif était de réaliser un séquençage complet du VIH-1. L'efficacité du workflow ABL Whole Genome Sequencing (WGS) a été analysé en termes de performances en comparaison au séquençage ciblé (target) ABL.34 échantillons de patients infectés par le VIH-1 ont été analysés par séquençage ciblé. Des critères de performance ont été évalués, tels que la précision, la sensibilité analytique, la contamination entre échantillons et la comparaison avec une autre méthode. Ces critères ont été validés. Cependant, des discordances ont été retrouvées pour certains variants minoritaires. (mutations présentes à moins de 10%). Concernant la comparaison des méthodes, le nombre d'échantillons est actuellement insuffisant pour déterminer quelle méthode détecte le mieux les variants minoritaires. Un nombre plus important d'échantillons devra donc être testé.Pour le workflow ABL WGS, les critères n'ont pas pu être évalués car trop peu d'échantillons ont été testés et correctement séquencés. Cependant, une comparaison des résultats entre ABL Target (TG) et ABL WGS a pu être réalisée pour 5 échantillons. Les résultats étaient concordants et les variants minoritaires semblent être mieux détectés avec le workflow ABL WG. Néanmoins, pour conforter cette hypothèse, plus déchantillons devront être analysés.La validation reste à poursuivre. D'autres critères de performance devront être évalués. Si le workflow ABL est choisi, le workflow Vela sera remplacé par celui-ci et le séquençage du VIH-1 en routine seraréalisé avec ABL. |
Accès : | Identifiez-vous avant d'accéder au document électronique |
Disponible en ligne : | Oui |
Lieu du stage : | UCLouvain - IREC - Pôle de Microbiologie médicale |
Département : | Biologie médicale |
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