| Titre : | Mise au point d’une méthode d’extraction d’ADN à partir de frottis buccaux |
| Auteurs : | Riccardo Di Falco, Auteur ; Bruno Pichon, Promoteur |
| Type de document : | Travail de fin d'études |
| Editeur : | Woluwe-Saint-Lambert : Haute École Léonard de Vinci, 2022 |
| Langues: | Français |
| Index. décimale : | TFE - Biologie médicale |
| Descripteurs : |
HE Vinci ADN ; Analyse de séquence ; Biologie moléculaire ; GénétiqueAutres descripteurs fluorimetrie |
| Mots-clés: | Techniques génétiques ; analyse de séquence d'ADN |
| Résumé : |
Le but de ce travail est de mettre au point une méthode d’extraction d’ADN à partir de cellules buccales afin de réaliser des analyses génétiques chez des patients qui ont subi une greffe de moelle osseuse ou des patients suspectés de présenter une anomalie génétique en mosaïque. Pour ce faire, deux méthodes d’extraction sont comparées en termes quantitatifs et qualitatifs afin de déterminer laquelle est la plus adaptée.
- La première méthode est une méthode semi-automatique qui se base sur l’utilisation du kit Maxwell® « Buccal Swab DNA » avec l’appareil Maxwell®. - La deuxième méthode est une méthode manuelle, il s’agit de l’extraction d’ADNg avec le kit « new IGENatal ». Les frottis buccaux sont réalisés avec deux types d’écouvillons pour la méthode IGENatal et d’un type d’écouvillon pour la méthode Maxwell. Après avoir réalisé les extractions, la quantité d’ADN extraite est déterminée à l’aide de méthodes. Deux méthodes fluorométriques (le Qubit et le Fluoroskan) qui ciblent spécifiquement l’ADN double brin et une méthode spectrophotométrique (le NanoDrop) qui est moins spécifique et dose à la fois la présence d’autres acides nucléiques et d’autres contaminants cellulaires. Après avoir quantifié l’ADN extrait, il est important de déterminer si cet ADN est de qualité suffisante pour pouvoir être utilisé dans les analyses génétiques de routine. Pour ce faire, les échantillons sont testés sur quatre plateformes techniques différentes : la PCR universelle, la technique de séquençage de deuxième génération (NGS) appliquée au « mendeliome » , la technique de MPLA et la technique de CGH array. En termes de quantité, le kit Maxwell® donne une plus grande quantité d'ADN que le kit IGENatal. Les deux méthodes de dosage fluorométrique donnent une quantité d'ADN similaire. Cette quantité est inférieure à celle de la méthode de dosage spectrométrique, ce qui suggère la présence d'impuretés dans l'ADNg extrait. En termes de qualité, l'ADNg extrait donne de bons critères de qualité pour la PCR universelle, les techniques de séquençage de nouvelle génération (NGS) et la technique MLPA, après une étape de purification de routine. Les critères de qualité restent bons même avec une extraction effectuée un jour ou plus après le prélèvement. Pour la technique CGH-array la plus délicate, un échantillon extrait avec Maxwell sur un échantillon frais donne un résultat de bonne qualité. Néanmoins, la qualité semble être insuffisante lorsque l'extraction est retardée. En conclusion, l'extraction Maxwell® sur écouvillon buccal semble être une stratégie d'extraction d'ADN génomique alternative performante à l'extraction actuelle sur sang périphérique. La quantité d'ADNg est suffisante pour toutes les techniques d'analyse génétique de routine et la qualité de l'ADNg est suffisante pour la plupart d'entre elles et devrait être davantage étudiée pour la technique délicate du CGH-array. |
| Accès : | Identifiez-vous avant d'accéder au document électronique |
| Disponible en ligne : | Oui |
| Lieu du stage : | Hôpital Erasme ULB – Laboratoire de cytogénétique et génétique moléculaire |
| Département du TFE : | Biologie médicale |
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