| Titre : | Le séquençage à haut débit dans le diagnostic microbiologique (2022) |
| contenu dans : | |
| Auteurs : | Maxime Pichon ; Laurence Delhaes |
| Type de document : | Article |
| Dans : | Revue francophone des laboratoires (541, avril 2022) |
| Article en page(s) : | p. 60-66 |
| Note générale : | https://doi:10.1016/S1773-035X(22)00137-X |
| Langues: | Français |
| Descripteurs : |
HE Vinci Analyse de séquence ; Génome ; Infectiologie ; Microbiologie ; Séquençage nucléotidique à haut débit |
| Mots-clés: | génome entier ; séquençage nouvelle génération |
| Résumé : | Les applications du séquençage haut débit (NGS) en santé se sont récemment démocratisées, d’abord en recherche puis en microbiologie clinique. L’utilisation du NGS a surtout des applications en bactériologie et mycologie, principalement basées sur les marqueurs phylogénétiques documentés (régions hypervariables du 16S, 18S, ou 28S) permettant, par métataxonomie, de décrire les variations physiopathologiques des microbiotes. En métagénomique non ciblée, la comparaison des données de séquençage de génomes complets à des banques de données internationales permet de détecter une antibiorésistance génomique, souvent corrélée au phénotype de résistance. De même, différentes stratégies d’étude des facteurs de virulence ont été développées pour comparer les génomes des souches isolées en clinique à des souches de référence et ainsi analyser les îlots génomiques. Le NGS a aussi montré son efficacité à déterminer une chaîne de transmission interindividuelle, afin de remonter au patient source ou d’améliorer la prise en charge collective. L'approche métagénomique a permis de rechercher l'agent étiologique d'une infection. Malgré la prise en compte par des structures comme le Comité français d'accréditation, l’absence de standardisation limite le développement en routine de ces approches, en particulier du fait des besoins en bioinformatique. |
| Note de contenu : | Issu du dossier "Nouvelle approche de biologie moléculaire infectieuse" |
| Disponible en ligne : | Oui |
| En ligne : | https://login.ezproxy.vinci.be/login?url=https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1773035X2200137X |
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